Bidang Pendidikan Islam menyelenggarakan fungsi:

1. Penyiapan bahan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan teknis serta perencanaan di bidang pendidikan Islam;
2. Pelayanan dan pemenuhan standar nasional pendidikan Islam;
3. Bimbingan teknis dan supervisi di bidang pendidikan raudlatul athfal, pendidikan madrasah, pendidikan agama
4. Islam, pendidikan diniyah dan pondok pesantren, serta pengelolaan data dan sistem informasi pendidikan Islam; dan Evaluasi dan penyusunan laporan di bidang pendidikan Islam.

Bidang Pendidikan Islam, terdiri atas

1. Seksi Kurikulum, Sarana, Kelembagaan, dan Kesiswaan Madrasah;
2. Seksi Tenaga Kependidikan Madrasah;
3. Seksi Pendidikan Agama Islam;
4. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
5. Seksi Sistem Informasi Pendidikan Islam; dan
6. Kelompok Jabatan Fungsional.